INTERACCIÓN DE LA PROTEÍNA NITROBINDINA CON ÓXIDO NÍTRICO
Resumen
Introducción: La Nitrobindina (Nb) es una hemoproteína que tiene un plegado particular, se ha encontrado en M. Tuberculosis (Mt-Nb), A. Thaliana (At-Nb), y humanos (Hs-Nb), y no se conoce al día de hoy su función, aunque se la supone relacionada con detoxificación de especies reactivas de N y O. [1-2] En particular, la proteína Mt-Nb, que presenta en su estructura cristalina una molécula de agua coordinada con el átomo de Fe(III) del grupo hemo (Fig.1), tiene una baja afinidad por el hemo, y da lugar a una especie pentacoordinada cuando une óxido nítrico, por un posible debilitamiento del enlace Fe-His proximal. [3]
Resultados y Conclusiones:
Se realizaron inicialmente simulaciones computacionales de dinámica molecular dirigida (sMD), empleando el programa Amber, para obtener el perfil de energía libre para la migración del NO al grupo hemo. Los resultados derivados de las simulaciones sMD muestran que la migración del NO hacia el hemo presenta una baja barrera (~0,6 kcal/mol) debido a la exposición del grupo hemo al solvente, lo que facilita la migración de este ligando.
También se realizaron simulaciones de dinámica molecular clásica de la proteína ya en estado Fe(II) unida a NO con y sin la histidina proximal unida al Fe. Tomando estructuras seleccionadas de las simulaciones clásicas, se realizaron cálculos a nivel QM-MM empleando el código Lio [4] desarrollado en nuestro grupo usando el funcional PBE0, que indican que existe un significativo efecto proximal.
